分子束外延技術的優點是：使用的襯底溫度低，膜層生長速率慢，束流強度易于準確控制，膜層組分和摻雜濃度可隨源的變化而迅速調整。用這種技術已能制備薄到幾十個原子層的單晶薄膜，以及交替生長不同組分、不同摻雜的薄膜而形成的超薄層量子阱微結構材料。

分子束外延的優勢：

（1）生長速率極慢，大約1um/小時，相當于每秒生長一個單原子層，因此有利于實現準確控制厚度、結構與成分和形成陡峭的異質結構等。實際上是一種原子級的加工技術，因此MBE特別適于生長超晶格材料。

（2）外延生長的溫度低，因此降低了界面上熱膨脹引入的晶格失配效應和襯底雜質對外延層的自摻雜擴散影響。

（3）由于生長是在超高真空中進行的，襯底表面經過處理可成為完全清潔的，在外延過程中可避免沾污，因而能生長出質量極好的外延層。在分子束外延裝置中，一般還附有用以檢測表面結構、成分和真空殘余氣體的儀器，可以隨時監控外延層的成分和結構的完整性，有利于科學研究.

（4）分子束外延MBE是一個動力學過程，即將入射的中性粒子（原子或分子）一個一個地堆積在襯底上進行生長，而不是一個熱力學過程，所以它可以生長按照普通熱平衡生長方法難以生長的薄膜。

（5）分子束外延MBE是一個超高真空的物理沉積過程，既不需要考慮中間化學反應，又不受質量傳輸的影響，并且利用快門可以對生長和中斷進行瞬時控制。因此，膜的組分和摻雜濃度可隨源的變化而迅速調整。